মাদ্রাসার কতিপয় বিশেষ বৈশিষ্ট রয়েছে, যা সহজেই তাকে অন্য অনেক মাদ্রাসা থেকে পৃথক পরিচয়ে পরিচিতি দান করে। সব বৈশিষ্টের মধ্যে সম্ভবত প্রথম বৈশিষ্ট হলো, জামিয়া তার সান্তানদেরকে স্বচ্ছ ইসলামী তরবিয়াতের আলোকে গড়ে তোলে। বস্তুত, জামিয়া আলিম (?) তৈরীর পূর্বে ‘মানুষ’ নির্মাণের উপর জোর দেয়, এবং দেশ ব্যাপী হাকডাক সম্পন্ন ব্যক্তি জন্ম দেয়ার পূর্বে মানব কাঠামোর কিছু মৌলিক উপাদান তৈরীর প্রতি গুরুত্ব দেয়। জামিয়ার এই বৈশিষ্ট নিকট ও দূরের সবার কাছে স্বীকৃত।আর এসবই হয়েছে প্রথমত আল্লাহ তা’আলার বিশেষ অনুগ্রহে, দ্বিতীয়ত সে সব ক্লান্তিকর চেষ্টা ও অবিরাম সাধনার বদৌলতে, যা জামিয়ার পরলোকগত প্রতিষ্ঠাতা ইখলাস ও ছাওয়াব প্রাপ্তির আশায় এ পথে ব্যয় করেছেন।